组织架构
行政系统：研究院实行理事会领导下的院长负责制
| 理事会 | |||
| 职务 | 姓名 | 电话 | |
| 理事长 | 朱孔军 | ||
| 副理事长 | 谢湜、何俊志 | ||
| 研究院领导 | |||
| 姓名 | 职务 | 分工 | 电话 |
| 何俊志 | 院长 | 主持行政全面工作，分管人事与人才队伍建设、财务，国家高端智库、教育部重点研究基地、粤港澳发展研究院（深圳）等重点研究平台，统筹对外合作交流。 | 020-84110595 |
| 袁旭阳 | 党委书记、副院长 | 主持党委全面工作，分管党建、干部、办公室、宣传、思想政治、统战、保密、离退休工作、校友工作，数据库建设、内部刊物，综合协调管理，协管国家高端智库。 | 020-84110476 |
| 钟智锦 | 副院长 | 分管舆情与国际传播研究、舆情与国际传播研究平台。 | |
| 曹旭东 | 副院长 | 分管科研、基本法研究基地、公开刊物、对外合作交流（政治法律方向），协管粤港澳发展研究院（深圳）、人事与人才队伍。 | |
| 李小瑛 | 副院长 | 分管人才培养与教学、国际合作交流、粤港澳大湾区研究、对外合作交流（经济社会文化方向）。 | |
| 黄丽华 | 党委副书记 | 分管学生工作、共青团、教代会、工会，协管党建、办公室、宣传、校友工作。 | |
| 郭宇菲 | 院长助理 | 协管教育部重点研究基地、舆情与国际传播研究平台、国际合作交流。 | |
| 伍俐斌 | 院长助理 | 协管教育部国别和区域研究培育基地、人才培养与教学。 | |
| 办公室 | |||
| 姓名 | 职务/岗位 | 电话 | |
| 谢俊洁 | 党政办主任 | 020-84110477 | |
| 黄勍 | 党政办副主任（科研秘书、人事秘书） | 020-84111250 | |
| 张淑华 | 党务秘书，研究生秘书 | 020-84113279 | |
| 刘燕瑜 | 财务与国有资产秘书 | 020-84110605 | |
| 黄会 | 对外交流秘书（外事秘书） | 020-84110035 | |
| 周倚琪 | 行政秘书 | 020-84036956 | |
| 周玉鑫 | 基地秘书 | 020-84111069 | |
| 冯茜 | 辅导员 | 020-84111334 | |
| 涂雪薇 | 研究院（深圳）办公室副主任 | 0755-22677804 | |
| 数据库与资料建设部 | ||
| 姓名 | 职务/岗位 | 电话 |
| 林桐 | 数据库与资料建设部主任 | 020-84110037 |
| 政策研究与内刊编辑部 | ||
| 姓名 | 职务/岗位 | 电话 |
| 龙海涵 | 主任 | 020-84113236 |
| 张艳 | 研究院（深圳）项目主任 | |
| 朱震涛 | 政策分析员 | |
| 唐琳 | 政策分析员 | |
| 李祖贤 | 政策分析员 | |
| 曾令冬 | 政策分析员 | |
| 黄祯茜 | 政策分析员 | |
科研系统
| 首席专家 | 陈广汉教授 肖滨教授 郭天武教授 黎熙元教授 |
| 研究机构 | 负责人 |
| 中山大学港澳珠江三角洲研究中心（教育部人文社会科学重点研究基地） | 主任：何俊志教授，副主任：郭宇菲副教授、袁旭阳 |
| 中山大学自贸区综合研究院（广东省重点智库） | 符正平教授 |
| 粤港澳大湾区研究基地（与广东省港澳办共建） | 李善民教授、毛艳华教授 |
| 广东省舆情大数据分析与仿真重点实验室（广东省重点实验室） | 张志安教授 |
| 地方治理与公共政策研究中心（广东省重点智库） | 肖滨教授 |
| 粤港澳大湾区国际传播研究中心（与中国外文局共建） | 主任：钟智锦教授，联席主任：王东风教授，张志安教授；副主任：刘颂杰副教授、郭宇菲副教授 |
| 中国外文局对外话语创新研究基地 | 主任：常晨光教授，联席主任：钟智锦教授 |
| 穗港澳区域发展研究所（与广州市港澳办共建） | 张光南教授 |
| 中山大学粤港澳发展研究院（深圳） | 院长：何俊志，副院长：刘伟文 |
| 中山大学全球与区域治理研究中心 | 执行主任：李一希，副主任：李小瑛 |
| 中山大学港澳基本法研究中心 | 郭天武教授 |
| 港澳政治与公共治理研究中心 | 夏 瑛教授 |
| 港澳经济研究中心 | 袁持平教授 |
| 港澳社会研究中心 | 黎熙元教授 |
| “一带一路”与粤港澳国际合作研究中心 | 毛艳华教授 |
| 粤港澳民意调查中心 | 刘伟文博士 |
| 国际湾区高等教育研究中心 | 许长青副教授 |
| 社会心理研究中心 | 佐 斌教授 |